这个变动有些大，很多人有些接受不了。皇帝今天的改动实在太多，他们担心这是个乱改官制的建文君，内阁首辅黄立极劝谏道：
“陛下，大理寺、太常寺重要，方能定为正三品。”
“光禄寺、鸿胪寺这些，不宜提升品级。”
光禄寺卿和鸿胪寺卿听到这话，顿时气得冒烟。其它部门都不说，就说他们两个，这是看不起他们，不想让他们办事吗？
但是想想光禄寺也就负责膳食宴席、鸿胪寺也就负责典礼仪式，他们实在提不起底气，没法理直气壮地说自己和大理寺同样重要，能和它们并列。只能眼巴巴地看向皇帝，希望皇帝独断。
朱由检想了一下，没有如他们所愿。而是从太仆寺开始，逐个改动官职：
“太仆寺和太常寺一样提升为正三品，原北京太仆寺卿、南京太仆寺卿不变，仍旧还是从三品，负责北方马政和南方马政。”
“各地行太仆寺、苑马寺，以及兵部车驾司、各地茶马司等与马政相关的机构全部划归新太仆寺，统一全国马政。”
“兵部车驾司的驿站邮传等职责也由新太仆寺接管。”
这样一个负责全国马政和驿站邮传的机构，足以成为正三品衙门。太仆寺是人人高兴，车驾司郎中在朱由检任命他担任正四品太仆寺少卿后，同样高兴不已。但是无缘无故丢掉一个司的兵部，就不是那么高兴了。
虽然兵部尚书不在，侍郎也碌碌无为，他们却还要争一争，免得兵部人人抱怨，认为他们窝囊，在兵部丧失权威。
面对吕纯如等人的抱怨，朱由检想了一下，说道：
“兵部增加一个军械司，专门负责火器等军械制造。”
“现在先准备起来，具体如何设置，等专督军械侍郎袁可立回京之后决定。”
“太仆寺卿等兵部右侍郎秦士文回京后，暂时由他兼任。”
这下兵部也满意了，军械司的职责明显不是车驾司能比的，损失一个车驾司，换来军械司能够接受。而且秦士文回京后兼任太仆寺卿，明显是让太仆寺作为兵部迁转机构，兵部再有不满，那就不像话了。
处理了太仆寺的事情，朱由检将太仆寺、太常寺的正六品寺丞提升为正五品，但是原有官员品级不变，改任同品级的正六品主事，让两寺和吏部选拔官员，担任正五品寺丞。
这下除了原本的寺丞变成主事有些不满，其他官员都很赞同。尤其是六部主事和员外郎，想着去担任寺丞也不错，至少级别升了、寺丞这个名字也好听。
考虑到太仆寺职权提升，太常寺如果不提升的话，排在它前面底气不足。朱由检将僧录司、道录司、祠祭司、文庙、城隍庙等和宗教祭祀有关的职能几乎全部划入太常寺，让太常寺的职权大增，重新有了底气。
同时，作为对礼部的安抚，朱由检规定太常寺成为礼部迁转机构，由礼部负责督导。并且在礼部新设礼乐司，负责祠祭司遗留下来的拟定谥号庙号等职能，并负责整理乐曲舞蹈、民间诗歌、戏剧曲艺，宣传精神文化、管理教坊司等。
新设教育司，负责全国文教，从仪制司分出贡举、学校职能，增加规范语言文字、传播汉语汉字、制定教科书、教师资格认定、学位授予等职能。
给仪制司增加规范地方法规、民间乡约、宗族家法、整理民间习俗和革除陋习等职能。
如此一来，礼部四个司除了主客司和精膳司外，祠祭司变成了礼乐司，仪制司职能变化，还新设了教育司。这种变动实在太大，让朱由检放下把主客司交给鸿胪寺的打算，决定把朝贡和外交事务仍旧留在礼部。精膳司因为和光禄寺职能相似，被他合并在一起：
“光禄寺卿从三品不变，原正五品少卿改任正五品寺丞、从六品寺丞改任正六品主事。礼部精膳司改隶光禄寺，精膳司郎中迁正四品少卿。”
“鸿胪寺多了廷推计票职责，正卿由正四品提升为从三品，原从五品少卿改任正五品寺丞、从六品寺丞改任正六品主事。”
“两寺其余少卿暂不任命，等主持乡试的翰林院官员回来再说。”
这样调整下来，除了鸿胪寺负责的事务暂时有点不足外，光禄寺也能撑起从三品衙门。两寺低于大理寺、太常寺、太仆寺半品，却仍能并称五寺。
这下光禄寺和鸿胪寺也满意了，毕竟部门级别提升，他们的权力增加不说，很多人还提升了品级。礼部的变动虽然非常大，职能也增加了许多，分出去的祠祭、精膳都是不重要的部门，增加的教育、礼乐都是非常重要的机构。
尤其是听到光禄寺和鸿胪寺少卿要等翰林院官员回来任命，礼部官员和内阁大学士更是满意非常。这下内阁、礼部、翰林院一系清贵官员除了詹事府和国子监之外，又多了太常寺、光禄寺、鸿胪寺三个迁转机构，他们还能有什么不满？
如此一来，五寺的品级和职责尽皆完成调整，众人看着新鲜出炉的正三品或从三品正卿、正四品少卿、正五品寺丞、正六品主事、从六品从事、正七品知事，觉得确实规范许多。比以前乱糟糟的品级，更加一目了然。
朱由检看着调整后的五寺，同样也很满意。尤其是太常寺、光禄寺、鸿胪寺成为清贵迁转机构，能够给翰林官员一些锻炼机会。即使“清而不要、要而不清”，也不能让翰林官员一直坐冷衙门，要让他们积累一定的施政经验，才能在进入内阁后，更好地辅佐自己。
对于其它部门，朱由检没有再调整。尤其是最核心的六部，朱由检对礼部之外的部门大多没有改动。他知道五寺这些边缘部门调整出错也没关系，六部若是出了问题，那就是影响全国的大事。在没有掌控全国权力之前，他不会随意改动，避免像建文皇帝那样乱改官制、让官员无所适从。